El jueves 11 de noviembre de 1993 fue la última vez que se vio a Mario Bonino con vida. Había recorrido redacciones llevando el comunicado de la UTPBA repudiando amenazas contra los periodistas que en Catamarca cubrían la desaparición y asesinato de María Soledad Morales.
Pasó por su casa y se dirigía a una actividad de la organización. Su hijo, Federico, de 8 años, fue el último que lo vio después de recibir la promesa de que tendría El Gráfico para la cena.
El 15 de noviembre de 1993 su cuerpo fue encontrado en las putrefactas aguas del Riachuelo. Lo habían matado.
Durante esos 4 días, Felicia, su compañera, Gregorio, su hermano, junto con la UTPBA, recorrieron hospitales, comisarias, denunciaron la situación públicamente y hasta advirtieron que la UTPBA, durante ese fin de semana, sufría un ataque de madrugada contra su sede, en el que fue golpeado el compañero que cumplía funciones de sereno.
Cuando se supo del crimen de Mario, el presidente Carlos Menem, de manera miserable, habló de suicidio, algo que fue absolutamente desmentido por todos los peritos, oficiales y de parte, mientras una comisión investigadora convocada por la UTPBA e integrada por distintos periodistas, concluyó que se trataba de un asesinato.
Y la UTPBA sostuvo, entonces y ahora, que es imprescindible poner en contexto el crimen de Mario, no sólo por el ataque sufrido por la organización en esos días sino porque se trataba del hecho más grave de violencia contra la prensa en un año que sumó la cifra más alta desde la llegada de la democracia.
Un mes y medio antes del asesinato de Mario la UTPBA había convocado más de 10 mil personas en Plaza de Mayo para decir basta de impunidad.
Hubo un juzgado, el de Instrucción, N° 10 en el que recayó la causa por el crimen de Mario. Hubo infinidad de denuncias de la UTPBA en el ámbito internacional, con el respaldo permanente de la FELAP, que determinaron que una gran cantidad de organismos de Derechos Humanos e instituciones acompañaran el reclamo de justicia que la UTPBA planteó desde un primer momento.
Hubo irresponsable cierre de la causa y reapertura a pedido de la familia y de la UTPBA. Hubo, y hay, un crimen impune. Nunca se supo quién mató a Mario.
Un tipo noble, generoso, de perfil bajo y militancia alta, integrante comprometido con las ideas de la UTPBA, que ni antes ni ahora acude a la categoría de héroe para recordarlo. Al que mataron en noviembre de 1993, cuando tenía apenas 37 años. Simplemente Mario Bonino, un compañero entrañable. El primer periodista asesinado en democracia.